기업 줄소송 예고
올초 정부시행령과 배치…신한금융도 8~9억 소송
연구개발(R&D) 전담 부서가 없는 업체에 연구 용역을 준 기업도 R&D 세액공제를 받을 수 있다는 첫 법원 판결이 나왔다. 이는 올해 초 발표된 정부 시행령과 배치되는 것으로 지난해 이전에 세제 혜택 대상에서 빠졌던 기업들의 소송이 잇따를 것으로 보인다.
○“전담부서 없어도 세액공제 대상”
서울행정법원 제11부(부장판사 문준필)는 대신증권이 “R&D 전담부서가 없는 업체에 용역을 재(再)위탁했다는 이유로 세액 공제를 해주지 않은 것은 위법”이라며 영등포세무서장을 상대로 낸 30억원 규모의 법인세 부과처분 취소 소송에서 최근 원고 승소 판결했다. 재판부는 “전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달리 한다면 위탁자에게 재수탁업체의 전담부서 보유를 일일이 확인해 법령에도 없는 의무를 부담하게 한다”며 “수탁업체가 R&D 비전담 부서에서 위탁을 수행한 경우와 R&D 전담부서가 없는 재수탁업체로 하여금 위탁 용역을 수행한 경우를 달리 취급할 합리적 이유도 없다”고 판결했다.
앞서 대신증권은 2007~2009년 초까지 SK C&C에 데이터베이스 구축 등을 위한 ‘차세대 시스템 구축 및 CYBOS 개발’ 연구 용역을 위탁하면서 총 용역비 230억원을 지급했다. SK C&C는 이 중 30억원 규모의 용역을 R&D 전담부서가 없는 다른 업체에 재위탁해 처리했다. 대신증권은 이후 2008~2009 사업연도 전체 용역비 230억원을 R&D 세액공제 대상으로 청구했으나 30억원이 재위탁했다는 이유로 세액공제 대상에서 제외되자 소송을 냈다.
○2012년 과세연도분 이전까지는 면세
이번 판결은 개정된 조세특례제한법 시행령 취지와 엇갈린 판단이다. 새 시행령에 따르면 국내외 기업의 전담부서 등에 R&D 용역을 위탁·재위탁하면서 발생하는 비용은 전담부서 등이 직접 수행한 부분에 한해 세액공제가 가능하다. 전담부서가 없는 곳에 R&D를 위탁한 경우 자금이 연구 목적에 쓰였는지 알 수 없기 때문이라는 게 개정안의 취지다. 단 새 시행령은 2012년 1월1일 이후 최초 과세연도분부터 적용하게 돼 있다.
이에 대해 재판부는 “새 시행령 규정이 적용되기 전 2008~2009 사업연도 조특법 시행령에는 ‘재위탁에 따른 비용을 세액공제 대상에서 제외한다’는 조항이 없다”며 면세 대상이라고 판단했다. 법원 관계자는 “2012년 이전 사업연도의 재위탁 용역은 해당 기업의 R&D 전담부서 보유 여부와 관계없이 구 조세특례제한법상 법인세 세액공제 대상이 된다는 의미”라고 설명했다.
○기업들 소송 이어질듯
이번 판결에 따라 이전 사업연도에서 세제 혜택을 받지 못한 기업들의 소송이 이어질 가능성도 점쳐진다. 그동안 기업들이 조세심판원 등에 같은 이유로 세금 부과 처분을 취소해 달라고 청구한 적은 있었지만 전담부서를 보유하지 않은 업체에 재위탁한 경우를 면세 대상으로 받아들인 적은 없었다.
현재 신한금융투자도 서울행정법원에 8억~9억원 규모의 법인세 부과처분 취소 소송을 제기한 것으로 알려졌다. 법조계 관계자는 “위탁을 받은 업체가 임의로 한 재위탁을 세액공제에서 배제하는 것은 위헌 소지도 있다”며 “이번 판결로 기업들을 중심으로 소송이 잇따를 가능성이 높다”고 설명했다.
정소람 기자 ram@hankyung.com
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올초 정부시행령과 배치…신한금융도 8~9억 소송
연구개발(R&D) 전담 부서가 없는 업체에 연구 용역을 준 기업도 R&D 세액공제를 받을 수 있다는 첫 법원 판결이 나왔다. 이는 올해 초 발표된 정부 시행령과 배치되는 것으로 지난해 이전에 세제 혜택 대상에서 빠졌던 기업들의 소송이 잇따를 것으로 보인다.
○“전담부서 없어도 세액공제 대상”
서울행정법원 제11부(부장판사 문준필)는 대신증권이 “R&D 전담부서가 없는 업체에 용역을 재(再)위탁했다는 이유로 세액 공제를 해주지 않은 것은 위법”이라며 영등포세무서장을 상대로 낸 30억원 규모의 법인세 부과처분 취소 소송에서 최근 원고 승소 판결했다. 재판부는 “전담부서 보유 여부에 따라 세액공제를 달리 한다면 위탁자에게 재수탁업체의 전담부서 보유를 일일이 확인해 법령에도 없는 의무를 부담하게 한다”며 “수탁업체가 R&D 비전담 부서에서 위탁을 수행한 경우와 R&D 전담부서가 없는 재수탁업체로 하여금 위탁 용역을 수행한 경우를 달리 취급할 합리적 이유도 없다”고 판결했다.
앞서 대신증권은 2007~2009년 초까지 SK C&C에 데이터베이스 구축 등을 위한 ‘차세대 시스템 구축 및 CYBOS 개발’ 연구 용역을 위탁하면서 총 용역비 230억원을 지급했다. SK C&C는 이 중 30억원 규모의 용역을 R&D 전담부서가 없는 다른 업체에 재위탁해 처리했다. 대신증권은 이후 2008~2009 사업연도 전체 용역비 230억원을 R&D 세액공제 대상으로 청구했으나 30억원이 재위탁했다는 이유로 세액공제 대상에서 제외되자 소송을 냈다.
○2012년 과세연도분 이전까지는 면세
이번 판결은 개정된 조세특례제한법 시행령 취지와 엇갈린 판단이다. 새 시행령에 따르면 국내외 기업의 전담부서 등에 R&D 용역을 위탁·재위탁하면서 발생하는 비용은 전담부서 등이 직접 수행한 부분에 한해 세액공제가 가능하다. 전담부서가 없는 곳에 R&D를 위탁한 경우 자금이 연구 목적에 쓰였는지 알 수 없기 때문이라는 게 개정안의 취지다. 단 새 시행령은 2012년 1월1일 이후 최초 과세연도분부터 적용하게 돼 있다.
이에 대해 재판부는 “새 시행령 규정이 적용되기 전 2008~2009 사업연도 조특법 시행령에는 ‘재위탁에 따른 비용을 세액공제 대상에서 제외한다’는 조항이 없다”며 면세 대상이라고 판단했다. 법원 관계자는 “2012년 이전 사업연도의 재위탁 용역은 해당 기업의 R&D 전담부서 보유 여부와 관계없이 구 조세특례제한법상 법인세 세액공제 대상이 된다는 의미”라고 설명했다.
○기업들 소송 이어질듯
이번 판결에 따라 이전 사업연도에서 세제 혜택을 받지 못한 기업들의 소송이 이어질 가능성도 점쳐진다. 그동안 기업들이 조세심판원 등에 같은 이유로 세금 부과 처분을 취소해 달라고 청구한 적은 있었지만 전담부서를 보유하지 않은 업체에 재위탁한 경우를 면세 대상으로 받아들인 적은 없었다.
현재 신한금융투자도 서울행정법원에 8억~9억원 규모의 법인세 부과처분 취소 소송을 제기한 것으로 알려졌다. 법조계 관계자는 “위탁을 받은 업체가 임의로 한 재위탁을 세액공제에서 배제하는 것은 위헌 소지도 있다”며 “이번 판결로 기업들을 중심으로 소송이 잇따를 가능성이 높다”고 설명했다.
정소람 기자 ram@hankyung.com
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