주택의 양도소득세를 계산할 때 매도 대상 주택의 보유 기간이 3년 이상이면 장기보유공제 혜택이 적용돼 과세 대상 양도소득이 줄어들게 되므로 양도소득세를 줄일 수 있다. 장기보유공제 금액은 계산된 양도소득세에서 직접 차감하는 것이 아니라 세금 계산의 기준이 되는 소득금액에서 차감한다. 일반적인 경우 최대 30%(15년 보유)의 공제율이 적용된다. 1가구 1주택 장기보유공제는 사례에 따라 최대 80%까지 적용 가능하다.1가구 1주택은 비과세 조건이 된다면 12억원 이하에서는 과세 대상 양도차익이 없으므로 장기보유공제를 검토할 필요가 없다. 12억원 초과 부분에 대해서만 장기보유공제를 적용하는 것이다. 1가구 1주택 장기보유공제는 취득 시기와 관계없이 2년 이상 거주했다면 보유에 의한 장기공제율 최대 40%(10년 이상 보유 시)와 거주에 의한 장기공제율 최대 40%(10년 이상 거주 시)를 합산해 80%까지 장기보유공제가 가능하다.
거주하지 않은 경우에는 일반적인 장기보유공제율을 적용해 10년 보유한 경우 최대 20%의 공제만 받을 수 있다. 조정대상지역 지정 전 취득해 비과세 조건에 거주 요건이 없는 경우에는 거주하지 않더라도 12억원 이하라면 비과세 적용을 받는다. 장기보유공제는 최대 30%(15년 보유 시)의 공제율이 적용된다.
구분해야 할 것은 거주 요건이 있는 1가구 1주택을 ‘상생임대차 특례’를 적용해 매도하는 경우다. 상생임대차 특례가 적용되면 비과세 조건의 거주 요건을 상생임대차 특례로 인정해 주는 것이다. 장기보유공제율 계산은 실제 거주한 기간을 적용해야 한다. 하지만 상생임대차 특례에 따라 12억원 초과 과세 대상을 10년 보유하면 40%의 공제율을 적용받는다.
장기보유공제 적용에서 또 주의해야 할 경우는 3년 이상 보유한 조합원 입주권을 양도할 때다. 양도소득세는 양도 시점을 기준으로 판단하는 것으로 관리처분 이후 매도하면 기본적으로 조합원 입주권의 양도소득세가 적용된다. 종전 주택을 매수해 관리처분인가 뒤에 원조합원이 조합원 입주권 상태에서 팔면 장기보유공제 계산은 관리처분인가일까지의 기간에만 적용한다.
원조합원이 신축 후 신규 주택을 매도하는 경우에는 종전 주택 양도차익과 청산금의 양도차익을 구분해 각각의 기간에 따른 장기보유공제를 적용해야 한다.
또 1가구 1주택 고가주택의 경우 거주 기간 구분 또한 관리처분인가 전 기간과 관리처분인가 후 기간 등을 구분해 각각 적용한다.
관리처분인가 이후 매수한 승계조합원이 조합원 입주권을 완공 전 매도하면 장기보유공제를 받을 수 없다. 또 승계조합원이 신축 후 주택을 매도하는 경우에는 주택 완공일부터 보유 기간 및 거주 기간을 계산해 장기보유공제를 적용한다.
이처럼 30~80% 공제율이 적용되는 장기보유공제는 정확한 검토를 거치지 않으면 양도소득세의 계산이 달라질 수 있으므로 각각의 규정에 따라 정확히 따져봐야 한다.
김성일 리겔세무회계 대표회계사
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